Las líneas de Investigación son enfoques intra e interdisciplinarios que permiten englobar procesos, prácticas y perspectivas de análisis y definición disciplinaria con énfasis en los aportes de experimentalidad y creatividad expansiva e inclusiva que significa poner la tecnología al servicio de la enseñanza y el aprendizaje, con el fin de atender las necesidades y preferencias de los usuarios en contextos de diversidad.  Las líneas de investigación definidas por la Red Alter-Nativa engarzan dos áreas: el área educativa con el área de la sociedad de la información y tecnologías de comunicación y de información.